台式磁力搅拌器设备的工作原理就是利用磁性物质同性相斥的特性，通过不断变换基座的两端的极性来推动磁性搅拌棒转动;缺点是能量转化效率低，只适合小体积液体搅拌。而工业用磁力搅拌器的工作原理是：由内外两个磁钢，中间有隔离套隔开，靠电机驱动后内外磁钢产生磁耦合达到传动的目的。
从结构来看，一般下磁力搅拌器设备由带阴轴承的转头;阳轴承、罐底焊接板、马达组成。马达驱动头里有几块永磁铁(不是环状)，转头里对应的位置也有相同数量的永磁铁，极性恰好相互吸引，当安装好以后，马达驱动头和转头里的永磁铁相互之间磁力耦合，马达驱动头运转，磁力带动转头运转，两者被罐底板完全隔开，没有机械传动轴贯穿罐体。 转头的设计、转头与轴承的衔接、转头与轴承之间的间隙直接关系到CIP/SIP的效果，一般转头越开放越好。转头的材料，是316L不锈钢，内包永磁铁，轴承材料最常用的是碳化硅陶瓷，完全惰性，适合pH1~14，热膨胀小，在有水润滑的情况下，可以耐受高达5000~6000rpm的转速不磨损，由于工作状态下的磁力搅拌器，是完全浸在溶液下，润滑槽的存在可使溶液通过，从而使整个摩擦界面始终被水膜覆盖，在旋转时，摩擦力非常小，不会出现可以检测到的颗粒，对终产物不会构成威胁。
